Журнал
Научно-технический вестник информационных технологий, механики и оптики
УДК:519.1
Номер:6 (130)
Скачать PDF0 Кбайт
ПРИМЕНЕНИЕ МЕТОДА НЕЗАВИСИМЫХ КОМПОНЕНТ ДЛЯ ОПРЕДЕЛЕНИЯ НАЧАЛЬНОГО ПРИБЛИЖЕНИЯ ПРИ ПОИСКЕ АКТИВНЫХ МОДУЛЕЙ В БИОЛОГИЧЕСКИХ ГРАФАХ
Аннотация:
Предмет исследования. Поиск активных модулей в биологических графах, в том числе в генных графах, является одним из важных подходов к интерпретации экспериментальных биологических данных. Один из методов ее решения основан на применении алгоритма совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах. Алгоритм находит группы генов, одновременно близко расположенные в генном графе и обладающие высокой попарной корреляцией по матрице значений экспрессии генов. Алгоритм является итеративным, одиниз его ключевых параметров–выбранное начальное приближение, от которого зависит время работы и качество получаемых результатов. В настоящей работе рассмотрена задача определения начального приближения для этого алгоритма. Для решения задачи предложено использование процедуры на основе метода независимых компонент. Метод. На первом шаге предлагаемой процедуры определения начального приближения применяется метод независимых компонент к центрированной матрице значений экспрессии генов. Далее для каждой компоненты определяются гены, которые ей соответствуют с заданным уровнем статистической значимости. Полученные группы генов для всех независимых компонент выбираются в качестве начального приближения. Основные результаты. Применение процедуры на основе метода независимых компонент позволитуменьшить число групп генов в начальном приближении без потери точности, что, в свою очередь, уменьшитвремя работы алгоритма кластеризации в десяткираз при сохранении качества результатов. Практическая значимость. Ускорение работы алгоритма совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах без потери качества результатов значительно повыситудобство его использования для интерпретации транскриптомных данных в биоинформатике и вычислительной биологии.
Ключевые слова:
Постоянный URL
Статьи в номере
- ИСПОЛЬЗОВАНИЕ НАВЕДЕННЫХ МЕХАНИЧЕСКИХ НАПРЯЖЕНИЙ ПРИ ФОРМООБРАЗОВАНИИ СФЕРИЧЕСКИХ ПОВЕРХНОСТЕЙ ПОДЛОЖЕК ИНТЕРФЕРЕНЦИОННЫХ ЗЕРКАЛ
- ИССЛЕДОВАНИЕ ИЗМЕНЕНИЯ ЧУВСТВИТЕЛЬНОСТИ НАКЛОННОЙ ВОЛОКОННОЙ БРЭГГОВСКОЙ РЕШЕТКИ ПРИ ЕЕ ХИМИЧЕСКОМ ТРАВЛЕНИИ
- ОСОБЕННОСТИ ПРИМЕНЕНИЯ ОПТИЧЕСКИХ ПОЛИМЕРОВ ПРИ ПРОЕКТИРОВАНИИ ОПТИЧЕСКИХ СИСТЕМ
- ОЦЕНКА ВЛИЯНИЯ РАСТИТЕЛЬНЫХ ЭКСТРАКТОВ НА АКТИВНОСТЬ ЗОЛОТИСТОГО СТАФИЛОКОККА МЕТОДОМ ЭЛЕКТРОХИМИЧЕСКОГО БИОТЕСТИРОВАНИЯ
- БЫСТРЫЙ АЛГОРИТМ ОЦЕНКИ ДВИЖЕНИЯ В ВИДЕОКОДЕКЕ СТАНДАРТА HEVC
- МОДИФИКАЦИЯ МЕТОДА СОВМЕСТНОЙ КЛАСТЕРИЗАЦИИ В ГРАФОВОМ И КОРРЕЛЯЦИОННОМ ПРОСТРАНСТВАХ
- ПРИМЕНЕНИЕ КОНЦЕПЦИИ ЦИФРОВЫХ ДВОЙНИКОВ НА ЭТАПАХ ЖИЗНЕННОГО ЦИКЛА ПРОИЗВОДСТВЕННЫХ СИСТЕМ
- ОПТИМИЗАЦИЯ ГИПЕРПАРАМЕТРОВ НА ОСНОВЕ ОБЪЕДИНЕНИЯ АПРИОРНЫХ И АПОСТЕРИОРНЫХ ЗНАНИЙ О ЗАДАЧЕ КЛАССИФИКАЦИИ
- ВЫВОД ГЕННЫХ РЕГУЛЯТОРНЫХ СЕТЕЙ ПО ДАННЫМ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ПРИ ПОМОЩИ БАЙЕСОВСКИХ СЕТЕЙ
- ПРИМЕНЕНИЕ ИНКРЕМЕНТАЛЬНЫХ SAT-РЕШАТЕЛЕЙ ДЛЯ РЕШЕНИЯ NP-ТРУДНЫХ ЗАДАЧ НА ПРИМЕРЕ ЗАДАЧИ СИНТЕЗА МИНИМАЛЬНЫХ БУЛЕВЫХ ФОРМУЛ
- ОЦЕНИВАНИЕ РАСПРЕДЕЛЕНИЯ ОТРАЖАТЕЛЬНЫХ ХАРАКТЕРИСТИК ПРИ КВАЗИНЕПРЕРЫВНОМ СВЕРХШИРОКОПОЛОСНОМ ЗОНДИРУЮЩЕМ СИГНАЛЕ
- АДАПТИВНАЯ ЗАДАЧА О РАСШИРЕННОМ ВОСПРОИЗВОДСТВЕ ПРИ МИНИМИЗАЦИИ ОБОБЩЕННЫХ ЗАТРАТ
- ПРЕДСКАЗАНИЕ УСЛОВИЙ РЕАКЦИЙ С ПОМОЩЬЮ МЕТОДОВ ГЛУБОКОГО ОБУЧЕНИЯ
- МОДЕЛИРОВАНИЕ ВЕРТИКАЛЬНЫХ СВЕТИЛЬНИКОВ ДЛЯ ДНЕВНОГО ОСВЕЩЕНИЯ ВНУТРЕННИХ ПОМЕЩЕНИЙ ПРОМЫШЛЕННЫХ ЗДАНИЙ(на англ. яз.)
- УРАВНЕНИЕ СОСТОЯНИЯ ПОЛИМЕРНЫХ НИТЕЙ
- ПРОГНОЗИРОВАНИЕ МЕХАНИЧЕСКИХ СВОЙСТВ ОДНОМЕРНЫХ ПОЛИМЕРНЫХ СТРУКТУР
- СИСТЕМА ПОДДЕРЖКИ КЛИНИЧЕСКИХ РЕШЕНИЙ С ОБРАБОТКОЙ МУЛЬТИМОДАЛЬНЫХ МЕДИЦИНСКИХ ДАННЫХ КАК СРЕДСТВО ПОВЫШЕНИЯ ЭФФЕКТИВНОСТИ РАБОТЫ ВРАЧА-РАДИОЛОГА